홋가이도 네무로의 어느 해협, 짙게 깔린 안개 사이로 3 사람의 모습이 보인다. 고지라 예측 네트워크(GPN)의 리더인 시노다 유지(篠田雄二)와 그의 딸, 그리고 과학분야 전문기자인 이치노세 유키(一ノ瀨由紀)가 탐지기들을 바쁘게 운반하고 있다. 시노다는 현재 일본 최고의 고지라 전문가로 정보수집을 위해 대학교수직까지 그만두고 전국을 돌아다니는 중이다. 그의 옆 자리를 지키는 여기자 유키는 이런 시노다의 열정을 이해하지 못하면서도 고지라의 출현을 예측하는 것이 많은 귀중한 생명을 구할 수 있으리라는 믿음에 그를 돕고 있는 것이다. 바로 그날 밤 55미터 키의 거대한 고지라가 나타나 네무로를 아수라장으로 만든다. 그런데 목숨을 걸고 고지라를 쫓던 시노다는 에너지 시설을 부수는 괴물을 목격하고 "혹시 고지라가 인간이 창조한 에너지에 대한 증오를 표현하고 있는 것은 아닐까"하는 의문을 갖게 된다. 한편 일본의 또 다른 해협 카시마에는 얼마 전 정체 모를 큰 돌덩이가 발견되었다. 넓이가 200미터나 되는 이 돌덩이를 조사하던 과학자 미야사카 시로(宮坂四郞)는 6000년이나 된 것이며 지구상에서는 발견된 적이 없는 화확물질을 함유하고 있다는 사실을 발견한다. 정밀검사를 위해 운반하려 하자 이 돌덩이는 스스로 움직여 바다 위로 유유히 사라져 가버린 이상한 사건이 있었던 것이다. 얼마 후 핵발전소가 있는 곳에 다시 모습을 나타낸 고지라가 지구의 수비대와 격전을 벌이고 있는데, 사라졌던 그 의문의 돌덩이가 난데없이 나타나는 것이 아닌가! 고지라가 돌덩이를 향해 엄청난 위력의 로켓을 쏘아대자 돌덩이는 껍질을 벗고 거대한 UFO의 본 모습을 드러낸다. (한일영화 전문 웹진 영화전문 웹진 인사이트 기사 편집)