인간의 기억과 신체 생명기능을 모두 빨아들이는 매트릭스. 3것은 최첨단 컴퓨터 기술로 창조된 기억 저장소이며 인간이 완전히 다른 형태로 존재할 수 있는 또 다른 차원의 세계이다. 매트릭스는 점점 기능이 강력해져 한 마을을 통째로 집어 삼킬 만큼 파괴력이 커진다. 극비로 이것을 가동하고 있는 거대기업 지콘은 이 막강한 무기로 지콘에 반항하는 세력들을 하나씩 제거해 왔다. 그런데 어느 날 매트릭스 시스템에 갑자기 이상한 변화가 생긴다. 매트릭스 세계 안에서 섀도우맨이라고 불리는 누군가가 매트릭스를 자체 조작하고 있어 외부에서 통제하기가 어려워진 것이다. 지콘은 매트릭스를 만들어낸 컴퓨터 과학자 스티븐(Steven Falcon: 켄 올랜드 분)에게 매트릭스 안으로 들어가서 섀도우맨을 해치우고 내부 매트릭스 조작을 해체하는 임무를 맡긴다. 매트릭스 안으로 들어간 스티븐은 거칠고 혼돈스런 기억의 세계를 헤매다 중대한 사실을 알게 된다. 바로 스티븐 자신과 섀도우맨이 동일인이라는 사실이다. 사태의 전모를 알게 된 그는 임무의 목적을 수정하여 또 다른 프로젝트를 개시하게 된다.