시카고 도심 한복판에서 자동차 사고가 발생하고, 부상당한 운전사 마크(Mark Sheridan: 웨슬리 스나입스 분)는 병원에 실려간다. 사고를 조사하던 경찰은 마크가 뉴욕에서 발생한 살인 사건의 용의자로 지명 수배 중임을 알고 병원에서 그를 체포, 뉴욕으로 호송한다. 그러나 정작 살인자로 알려진 마크는 사건의 전모를 모르고 있는 상태. 특급 죄수가 되어 범죄자 수송 비행기(콘 에어)에 오르고, 그 안에는 다른 죄수를 호송 중인 미 연방 경찰 샘 제라드(Chief Deputy Marshal Samuel Gerard: 토미 리 존스 분), 그리고 마크의 목숨을 노리는 정체불명의 암살자가 탑승하고 있었다. 죄수로 위장한 암살자는 마크를 향해 총을 쏘지만 총알은 마크 대신 비행기 창문을 맞히고 비행기는 오하이오 강에 추락한다. 아수라장이 된 사고 현장을 틈타 탈출에 성공한 마크. 그리고 눈 앞에서 사라진 도망자를 추적하기 위한 샘의 치밀한 수색 작전은 마크에게 불리하기만 하다. 한편 샘이 이끄는 수사팀에 스타일과 성격면에서 샘과 반대되는 정부 요원 존 로이스(John Royce: 로버트 다우니 쥬니어 분)가 연방 정부 기관의 입김으로 합세하게 된다. 그러나 샘은 도망자 마크를 추적하던 중 뜻밖의 놀라운 사실을 발견하는데, 바로 마크는 단순 살인범이 아니라 해병대 특수요원 출신이자 셰리던이라는 암호명을 가진 전 CIA 스파이이며, 최근에는 정부 기관의 비밀 요원 암살자로 활동했다는 것. 의욕이 넘치는 젊은 정부 요원까지 가세한, 노련한 수사팀을 이끄는 샘 제라드는 예상치 못한 반전이 꼬리를 무는 생애 최고의 사건에 도전하게 된다.