제1부멀린(샘 닐)은 악의 여왕, 맵(미랜다 리처드슨)에 의해 창조된 마법사다.기독교의 전파로 사람들이 더 이상 마법이나 주술 따위를 믿지 않게 되자, 존재에 위협을 느낀 맵은 멀린을 어둠의 세계를 이끌어갈 강력한 지도자로 키우고자 계획한다.맵의 마법에 걸려 멀린을 임신한 여인은 출산 직후 숨을 거두고, 곁에 있던 엠브로시아가 멀린을 청년으로 장성하게 한다. 열일곱 살까지 평범한 인간으로 자란 멀린은 어느 날, 숲 속에서 니무에(이자벨라 로셀리니)라는 어여쁜 아가씨와 사랑에 빠지고 그녀의 생명을 구하려다가 처음으로 자신에게 마법의 능력이 있음을 알게 된다. 그와 동시에 자신이 악의 여왕, 맵의 소유물이며 그녀의 뜻에 따라 마법사가 되어야하는 운명이란 것도 알게 된다. 운명을 거역할 수 없었던 멀린은 맵의 조수, 프릭(마틴 쇼트)에게 마법을 배우기 시작하지만 전혀 흥미를 느끼지 못하고 다시 엠브로시아에게 돌아간다.하지만 엠브로시아는 이미 맵의 손에 죽음을 맞이한 뒤, 멀린은 자신의 생모와 엠브로시아의 무덤 앞에서 맵에게 복수하는 것을 제외하곤 다시는 마법을 쓰지 않았다고 맹세한다.제2부브리튼의 왕, 콘스탄트를 살해한 색슨족의 우두머리 볼티건(룻거 하우어)은 콘스탄트의 아들, 유서 왕을 치기 위해 군대를 모은다. 맵은 볼티건에게 승리를 약속하며 볼티건의 측근인 알단테 경의 딸, 니무에를 화룡의 제물로 바치게 한다.일촉즉발의 상황에서 니무에를 구해낸 멀린은 그녀를 아발론이란 섬으로 피신시키고 맵에 대한 복수로 유서 왕을 도와 볼티건을 죽이고 그의 군대를 대파한다. 유서가 명실상부한 제왕의 자리에 오르자 멀린은 그에게 신검, 엑스캘리버를 바치지만 그는 콘웰 경의 아내 이그레인를 탐하고 결국엔 그녀의 몸에서 훗날의 제왕인 아서가 태어나도록 만든다. 제3부멀린(샘 닐)은 출생의 비밀을 숨긴 채 아서(폴 커런)를 훌륭한 청년으로 키우고, 유서 왕이 죽자 아서에게 엑스캘리버를 주며 브리튼의 왕위에 오르도록 한다. 왕위를 노리던 유서의 측근들은 아서를 받아들이지 않지만 진정한 왕만을 섬기는 엑스칼리버의 울림을 듣고 그를 왕으로 추대한다. 멀린의 승승장구를 시기한 맵은 아더의 생모, 이그레인과 그녀의 본래 남편, 콘월 사이에서 태어난 모건 드 페이(헬레나 보넘 카터)에게 마법을 걸어 아서와 잠자리를 한다. 이런 사실을 전혀 모르는 아서는 카멜롯에 성을 세우는 등 정사에 몰두하고, 마침내 성배를 찾기 위한 여행길에 오른다. 멀린은 아서가 성을 비운 사이, 아서의 부인, 기네비어 왕후를 지켜줄 충직한 기사로 랜슬롯을 낙점하고 그를 성에 머물게 한다. 그러나 멀린의 예상을 뒤집고 랜슬롯과 기네비어는 사랑에 빠지고 만다.제4부(최종회)여행길에서 돌아온 아서는 모건 드 페이가 낳은 아들이자 맵의 후계자인 몬드레드을 통해서 기네비어의 불륜을 전해 듣는다. 한편, 화룡의 공격으로 얼굴에 화상을 입은 니무에(이자벨라 로셀리니)는 멀린이 돌아오기만을 기다리다가 외로움에 지친 나머지 맵의 유혹에 넘어간다. 아름다움을 되찾는 대신 영원히 빠져나올 수 없는 동굴에 갇힌 것이다. 마침내 멀린은 니무에를 찾아 동굴로 들어오고 그녀와 함께 행복한 시간들을 보내지만 그 사이 아서와 몬드레드를 전쟁을 벌이고 아서와 몬드레드 둘 다 목숨을 잃는다.