록키산맥 끝자락의 작은 시골마을. 캘리포니아에서 인적드문 이곳으로 이사온 7살 소녀 에밀리(캐틀린 부케 분)는 이곳 생활이 못마땅하기만 하다. 지방신문사에서 일하는 아버지 그렉(에드 버글리 주니어 분)과 엄마 사라(나탸 자만 분)는 어린 딸의 투정을 안쓰러워 하지만 자연스럽게 적응하기를 바랄 뿐이다. 그러던 어느날, 외로운 에밀리에게 친구가 생긴다. 상처투성이 새끼곰 한마리가 에밀리 집에 찾아든 것. 어미곰을 밀렵꾼에게 잃고 숲속을 헤매던 새끼곰이 배가 고파 마을까지 내려온 것이다. 에밀리는 새끼곰을 정성껏 치료하고 "마샤"라는 이름을 붙여준다. 마샤와 에밀리는 금방 친구가 된다. 그러나 다음날 아침 곰을 발견한 아버지 그렉은 "마샤"를 동물보호소로 보내야 한다며 사무실로 데려간다. 신고를 받고 달려온 동물보호소 직원 포터(숀 존스턴 분). 그런데 마샤는 포터를 보는 순간, 결사적으로 도망친다. 본능적으로 포터가 엄마곰을 잡아간 범인임을 알아챈 것이다. 겨우 위기를 모면했지만 정작 갈곳이 없는 마샤. 결국 자기를 따뜻하게 돌보던 에밀리의 집으로 돌아간다. 그제서야 에밀리의 부모도 당분간 마샤를 데리고 있기로 결정한다. 그렉은 마샤를 위해 작은 통나무 집을 만들어주고, 에밀리는 마샤와 마치 동화같은 행복한 시간을 만끽한다. 그러나 기쁨도 잠시. 마샤가 에밀리의 집에 있다는 사실을 눈치챈 포터는 마취총으로 무장해 마샤를 잡으러 들이닥치고 마샤는 끝내 포터의 총에 쓰러지는데. <미스베어>의 가슴훈훈하게 만드는 결론엔 아이들이 마샤의 엄마를 구출하면서 부딪히는 극적인 상황이 전개된다. 야생동물 밀매 조직의 대장인 슈로더(아서 브로스 분)가 아이들의 안전을 위협하는 악한으로 등장한 것이다.