어둠의 세력으로 인해 은하계 전체가 클론 전쟁에 휘말리고, 제다이 기사단은 평화를 회복하기 위해 전투에 나선다. 그러나 점점 더 많은 행성계가 다크 사이드 포스의 손아귀에 빠져든다. '아나킨 스카이워커'와 그의 제자 '아소카 타노'는 은하계 범죄단의 수괴인 '자바 더 헛'의 아들이 납치 당하자, 그 아들을 구출하는 임무 수행을 위해 떠나고, 잔악무도한 악당들이 그들의 여정을 막으려 한다. 한편, 클론 전쟁의 최전선에서는 오비완 요다가 거대한 클론 군대를 이끌고 다크 사이드 포스 진영에 맞서 싸우며 먼 훗날 전설로 기억될 클론 전쟁의 서막이 막을 올리는데.