지구상의 최대 화약고인 불가리아의 수도 소피아. 존 하트 중령과 릭 번스(Rick Burns: 프랭크 자가리노 분) 중위 그리고 네이비 씰의 선발된 팀은 중동 국가로 미사일 유도 기술이 이전 되는 것을 저지하는 작전을 수행 중이다. 한 순간도 긴장감을 떨쳐버릴 수 없는 상황에서 계속해서 정체 모를 보안군이 방해를 해온다. 맹렬한 총격전 속에 존 하트는 전사하고 릭과 네이비 씰은 가까스로 도망쳐 목숨을 구하게 된다. 워싱턴으로 돌아온 릭 중위는 토드 해군 참모총장으로부터 경질되고 테러에 맞서 싸울 선발 소대는 해체된다. 미군은 지금 당장 미사일 유도 시스템의 컴퓨터 중앙 제어장치를 파괴해야만 한다. 이에 함대 폭격기의 공습이 시작되지만 지형에 대한 첩보가 잘못되어 큰 위기를 맞게 된다. 이에 맞서 공습에 화가 난 주변국들은 제어시스템이 연결되는 대로 이웃에 위치한 미국 동맹국들을 공격할 채비를 갖춘다. 한편, 토드 장군의 딸 에린은 이탈리아 고고학자로 위장하여 활동중인 CIA 요원이다. 그녀는 컴퓨터가 설치된 곳을 알고 있는 유일한 인물로 미사일 유도작전의 열쇠를 쥐고있다. 그녀는 라즈쿠마의 로스트 시티(잃어버린 도시)에 있는 발굴지에서 의문점을 발견하게 된다. 정교한 고고학적 탐사에는 전혀 어울리지 않는 엄청난 건설중기를 옮기는 소리를 들은 것이다. 그녀는 그 지역에 몰래 잠입하여 로스트 시티 아래에 파헤쳐진 동굴 속에 있는 비밀기지를 발견한다. 엄청난 사실을 알게 된 에린은 그 곳을 탐색하다가 곧 잡히게 되지만 이미 비밀기지에 대한 정보는 외부에 알려졌다. 그런데 미사일 유도기술에 대한 사실을 알고 있는 미국은 고고학적 귀중품 때문에 어쩔 수 없이 벙커 파괴용 폭탄을 쓸 수가 없는 상황이다. 결국 이 사건을 해결하기 위해서 토드 장군은 네이비씰 팀의 복귀를 승인하고 또한 자신의 딸인 에린을 구해올 것을 명령한다. 그러던 중에 플로리다로부터 날아온 웹 버클리가 네이비씰 팀의 새로운 지휘관이 된다. 릭은 에릭과의 지난 일들에 대해서 웹에게 털어놓는다. 토드 장군은 릭과 에린이 연인사이라는 것을 전혀 알지 못한다. 이로 인해 릭은 더욱 절박한 처지에 서게 된다. 네이비씰 팀은 적의 잠수함과 쫓고 쫓기는 상황 끝에 페르시아만에 침투하여 마침내 로스트 시티에 도착한다. 그들은 에린을 구해내고, 무사히 구출된 에린은 릭의 용기와 사랑를 확인하게 된다. 네이비씰 팀 모두가 중앙 제어장치 쪽으로 이동하는 동안 에린은 수메르 형식과는 관련 없는 엉뚱한 조각품을 발견한다. 곧 네이비씰 팀은 한 고고학자를 붙잡게 되고 그로부터 놀라운 고백을 듣게 된다. 로스트 시티의 실체는.