미 최고의 잠수함 ‘씨바이퍼’호와 함장 쿨페퍼 대령은 루즈벨트 대통령으로부터 최고 기밀 임무를 전달받는다. 일본군과 독일군이 장악한 남태평양 섬에 추락한 파일럿을 구출하고 독일과 일본 사이의 음모를 알아내라는 것. 섬에 상륙한 쿨페퍼 대령은 파일럿과 전쟁 포로 구출에 성공하지만, 씨바이퍼의 승무원들은 일본 구축함의 공격을 받아 위기에 처한다. 설상가상으로 독일군이 핵무기 제조 물질을 일본에 넘기려 한다는 사실을 알게 되고 키난 원사와 커터 준위의 권력 다툼은 씨바이퍼호와 승무원들의 운명을 위태롭게 하는데…..