2000년 홍콩의 밀레니엄 축제. 거리에는 수많은 인파가 축제를 벌이고 있고, 한 초고층 빌딩에서는 세계적인 유명 인사들이 파티를 즐기고 있다. 그 시각 밑이 내려다보이지 않을 정도로 높은 초고층 빌딩의 난간에 검은 복면의 한 사내가 아슬아슬한 자세로 매달려 있다. 그 사내는 곧 최신식 장비를 이용하여 숙달된 동작으로 건물 벽면을 타고 한 사무실에 잠입한 후 내부의 컴퓨터를 해킹하고는 그림자처럼 사라진다. 작전을 무사히 수행하고 복면을 벗은 뒤 턱시도 복장으로 다시 파티장에 나타난 사내. U.N. 비밀요원 쇼(Neil Shaw: 웨슬리 스나입스 분). 그는 아무 일도 없었다는 듯 미소를 지으며 유유히 밀레니엄 쇼를 즐긴다. 한편 미국 플로리다 제도에서 썩어 가는 500구 이상의 베트남 난민의 시체를 가득 싫은 채 표류 중이던 배 한 척이 발견된다. 결국 이 배는 UN 소유의 배로 판명되고, 이 잔혹한 대 학살에 UN 사무총장이 연루됐음을 보여주는 비디오까지 공개되면서 중국과 무역협정체결을 위한 정상회담을 준비하고 있는 UN은 최대의 위기에 몰린다. 이에 UN의 실질적인 권력자 훅스는 모든 것이 UN과 중국과의 무역체결에 반대하는 세력에 의한 음모라는 결론을 내리고 UN 최고의 비밀요원 쇼와 그의 팀을 불러들여 비밀리에 수사를 벌인다. 사건을 담당하게 된 닐은 사건의 가장 큰 용의자인 UN 중국대사 웡을 조사하기 위하여 그의 주위에서 위장수사를 하지만 뉴욕의 연례파티에 참석한 웡이 예상치 못했던 암살을 당하게 되고, 위장침투 중이던 쇼는 암살범으로 몰려 경찰에 체포된다. 신분을 절대 밝힐 수 없는 쇼는 결국 이송도중 탈출을 하게 되고 자신의 팀원들을 만나러 가지만, 이미 팀원들은 정체모를 적으로부터 처절하게 살해당한 후였다. 동료들의 죽음과 계속되는 테러의 위협 속에 누군가가 자신들을 알고 있었고 또한 자신들의 작전을 역이용하고 있다는 것을 느끼며 그 누구와도 연락을 끊은 채 홀로 보이지 않는 거대한 적과의 전쟁을 준비한다.