샌디에고 DOD(국가 기밀 해결 미 에이전시)의 지하 주차장. 한 남자가 다급히 추격을 받으며, 주차장을 벗어내려다 결국 살해되고 만다. 한 명의 정보누설자도 허용되지 않는 비밀 에이전시 DOD에 어느 날 갑작스런 긴장이 감돌기 시작한다. 에일리언 비행선들이 지구 공격을 위해 돌진하고 있는 것을 발견했기 때문. DOD의 총수인 빌 템플러(데일 미드키프 분)는 이를 정부와 언론에 알린다. 지구공격에 위협을 느낀 대통령은 핵폭탄을 장착한 피스메이커 미사일 발사를 명령하고 카운트다운에 들어가는데. 한편 이를 수상하게 여긴 형사 케빈(돈드레 윗필드 분)은 에일리언의 침공에 관한 정보를 캐내기 위해 DOD의 내부에 잠입한다. 그러나 곧장 DOD의 추격을 받아 쫓겨나고 차선책으로 빌의 아내에게 접근하지만 아무런 정보도 얻지 못한다. 그러던 어느 날 빌의 아내가 케빈을 찾아와 빌의 방에서 발견한 그림을 보여 준다. 이 그림이 지구를 침략해 오는 비행선과 일치한다는 것을 알게된 케빈은 어떠한 음모가 도사리고 있음을 확신한다. 케빈은 더욱더 확실한 정보 수집을 위해 심도 있는 수사를 시작하고, DOD의 직원이 몰래 빼돌린 정보CD가 자신의 방에 숨겨져 있음을 발견한다. 결국 케빈은 에일리언에 관한 모든 일이 빌의 계략임을 밝혀내고 빌의 나머지 계획을 막기 위해 그들의 거주지에 잠입한다. 이때 케빈은 빌이 실제로 에일리언들과 교신하는 놀라운 장면을 목격하고 정부의 공격이 시작되면 에일리언 또한 지구를 공격하는 상황이 벌어진다는 것을 알게 되는데.