도쿄에서 제일 가는 부자 학교인 오란고교에 발을 들여놓지도 못할 법한 ‘후지오카 하루히’는 점심 도시락을 직접 싸다니는 이른 바 ‘서민’으로 학교에서 유일한 특별대우학생이다. 어느 날 하루히는 조용히 공부할 자리를 찾아 헤매다 너무나 아름다운, 하지만 이상한 미소년들과 마주친다. 그들은 이른바 학교 최고의 꽃미남 클럽인 ‘오란고교 호스트부’! 호스트부가 교내 경매에 팔 예정이었던 비싼 화병을 깨버린 하루히는 800만엔에 달하는 변상금을 갚기 위해, 남자만 소속되어 있는 호스트부에 여자라는 사실을 속이고 호스트부에 들어가게 되고, 하루히가 여자라는 사실을 전혀 모르는 부장 타마키는 하루히에게 계속 끌리는 마음을 숨길 수 없게 되는데…