어느 날 갑자기 출현한 흉폭한 괴물로 인해 맨하탄의 생쥐들은 밤마다 공포에 떤다. 엄청난 덩치에 무엇이든 부숴버릴 수 있는 날카로운 이빨을 지닌 이 괴물은 불을 뿜어내 집과 가구들을 태워버리고 생쥐들을 납치하기까지 안다. 워낙 무시무시해 가까스로 살아남은 생쥐들도 괴물의 정확한 실체를 모를 정도이다. 피블도 무서운 생각에 밤잠을 설친다. 어느 날 신문사에서 일하는 누이 티나를 따라간 피블은 그곳에서 괴물 추적 기사를 쓰고 있는 여기자 넬리를 알게된다. 넬리는 피블이 그림에 소질이 있다는 사실을 알고는 피블을 사건 현장에 데리고 간다. 간밤에 괴물이 나타났던 사건 현장인 차이나 타운은 완전히 쑥대밭이 돼있다. 많은 생쥐들이 실종되고 건물은 완전히 파괴된 상태였다. 조사를 마치고 돌아오던 도중 넬리와 피블은 우연히 거리에서 부적을 팔고있는 장면을 목격한다. 푸들강아지인 주술사 마우시는 자신의 부적을 사면 괴물의 공격을 피할 수 있다며 생쥐들에게 잔뜩 겁을 준다. 사실 괴물은 집을 나온 푸들 마우시와 못된 고양이 일당이 만든 기계장치였다. 이들은 괴물을 이용해 생쥐들을 몰아내고 먹을 것을 확보하기 위해 괴물 소동을 벌였던 것이다. 한편 마우시와 고양이 일당은 넬리가 점점 자신들을 추적해 오자 그녀를 해치우기로 결심하고 폐허가 된 저택으로 유인한다. 피블과 넬리는 현장에 오자마자 괴물의 공격을 받게되고 위기일발의 순간에 피블의 친구 토니가 나타나 이들을 구해낸다. 그리고 피블일행은 현장에서 괴물이 사라진 곳이 하수구로 연결돼 있다는 점과 강아지 목에 거는 악세사리를 단서로 사건해결에 나선다. 그런데 다시 집에 돌아온 피블 앞에 깜짝 놀랄 일이 벌어진다. 집은 완전히 부서지고 어린 동생이 괴물에게 잡혀간 것이다. 그동안 겁에 질려 제대로 괴물을 처다보지도 못했던 피블은 이제 목숨을 걸고 괴물과 맞서 싸우기로 마음먹는다. 토니와 함께 하수구를 따라 괴물을 추적하던 피블은 마침내 고양이들과 마우시의 본거지를 찾아내고 괴물의 실체도 알게 된다. 하지만 둘만의 힘으로는 역부족이라고 생각한 피블은 넬리에게 이 사실을 알리기로 하고 토니가현장을 지킨다. 한편 넬리와 타냐 등도 괴물을 추적하던 중 오히려 마우시 일당에게 포위되고 마는데.