베토벤은 조지가 유럽에 다녀올 동안 리처드의 집에 맡겨지지만, 변기 속의 물을 마시고 침을 사방에 흘리고 온 집안을 어지르는 등 끊이지 않는 말썽을 피운다. 새라와 브렌난의 엄마는 말썽만 피우는 베토벤을 목장으로 보내려고 하고, 아이들은 집에서 베토벤을 키우기 위하여 부모 모르게 개 훈련소에서 교육시키기로 한다. 한편, 부잣집 개이면서 훈련이 아주 잘된 같은 종의 개인 미켈란젤로는 집사 조나단의 시중을 받으며, 호사스런 생활을 한다. 그러던 중 미켈란젤로는 공원에서 개도둑에게 납치당할뻔한 위기 속에 때마침 같이 공원에 나온 베토벤과 주인이 뒤바뀌게 된다. 개 주인들은 서로 개가 바뀐 줄 모르고 개들의 행동을 이상하게만 여긴다. 미켈란젤로로 오인된 베토벤은 저택에서의 환경보호 캠페인 중 사고를 치고 리처드 집에 와 있는 미켈란젤로는 교육받은 행동을 보이며 주인의 인정을 받는다. 개들의 달라진 행동을 이상하게 여긴 주인들은 개들에게 진정한 행복은 원래의 생활을 돌려주는 것이라 생각하고 나름대로 애를 쓴다.