일본의 어느 해안, 갓난아기가 실린 바구니가 떠내려온다. 이를 발견한 타카구레 도장의 사부(Sensei: 오순택 분)는 이 아기가 전설로 전해내려 오는 '위대한 백인 닌자'일 것이라고 확신한다. 이 아기의 이름은 하루(Haru: 크리스 팔리 분), 그러나 세월이 흘러 아기가 자라면서 이 기대는 완전히 무너진다. 하루는 타카구레 도장의 문제아이자 한마디로 닌자로서 자격 미달. 어느 날, 하루를 제외한 닌자들이 훈련을 나간 사이 미모의 백인 여자, 엘리슨(Allison Page: 니꼴라스 세리단 분)이 닌자의 도움을 청하러 도장에 찾아온다. 이때 하루는 스스로 닌자임을 자청하고 그녀를 도우러 나선다. 그러나 엘리슨을 도우려던 하루는 살인 누명을 쓰게 되고, 그녀의 뒤를 쫓아 비버리 힐스로 향한다. 하루를 떠나 보내면서 사부는 최고의 닌자 고베이(Gobei: 로빈 슈 분)에게 하루가 눈치채지 못하도록 뒤에서 그를 도울 것을 명한다. 비버리힐스에 도착한 하루는 엘리슨이 죽은 언니에게 복수하기 위해 의도적으로 국제적 조직망을 가진 위조 지폐범 마틴에게 접근한 사실을 알아낸다. 마틴의 범죄 현장을 잡아 그를 잡아넣으려는 계획을 가진 엘리슨은 이를 망칠까 봐 좌충우돌하는 하루를 피한다. 한편 하루는 나름대로 마틴을 잡기 위한 작전을 짜지만 또다시 살인 사건의 범인 누명을 쓴 도망자가 된다. 게다가 엘리슨마저 마틴에게 잡혀 생명의 위협을 받게 된다. 이제 하루는 그림자처럼 따라다니던 고베이의 도움을 받아 마틴의 비밀 소굴로 잠입한다.