서기 2000년, 달로 향하던 여행 셔틀이 추락한다. 친구 유미의 자살로 마음에 상처를 입은 소녀 앨리스와 스튜어디스 로봇 SS1X 마리아는 추락한 기체에서 탈출하나 곧 정체불명의 병사들에 의해 목숨을 위협받는다. 우연히 만난 소년 유안의 도움을 받은 앨리스는 자신이 있는 곳이 30년 후의 셰계라는 것을 알게된다. 2030년, 그곳은 독재자 네로가 만들어낸 컴퓨터 SS1X가 '神'으로 군림해 사람들의 개성을 빼앗고 반란자는 처형하는 무서운 세계였다. 앨리스와 마리아는 폐허가 된 마을 신문사의 데이터베이스에서 과거의 뉴스기사를 조사하던 중 2015년부터 세계인구가 격감하여 2025년에는 10억이 되었다는 사실을 알게된다. 그리고 과거의 뉴스에서 'ALICE'의 이름을 발견하게 된다. "2010년, 우주 여행의 최연소 기록을 가져 일약 세계의 아이돌이 된 앨리스가 과학 아카데미에 입원, 원인은 불명." 아카데미는 바로 현재 네로의 아성이 되어 있는 곳이다. 우여곡절 끝에 앨리스 일행은 독재자 네로가 앨래스의 아들이며, 수퍼 컴퓨터 SS10X는 인간이 오염시킨 지구를 정화하기 위해 제작된 무기라는 것을 깨닫게 되는데.