할아버지의 죽음의 단서를 쫒던 ‘제이크’ 는 시간의 문을 통과해 놀라운 비밀과 마주한다. 시간을 조정하는 능력을 가진 ‘미스 페레그린’ 과 그녀의 보호아래 무한 반복되는 하루를 사는 ‘특별한 능력의 아이들’, 그리고 그들을 사냥하는 보이지 않는 무서운 적 ‘할로게스트’ 미스 페레그린과 제이크를 비롯한 아이들은 살아남기 위해 ‘할로게스트’ 에 맞서야 한다. 시간과 공간을 넘나들며 펼쳐지는 이들의 대결이 팀버튼의 마법같은 상상력으로 펼쳐진다.