남과 북이 통일을 약속하고 그 첫 상징인 경의선 철도 완전 개통식을 추진한다. 그러나 일본은 1907년 대한제국과의 조약을 근거로 개통식을 방해하고 한반도로 유입된 모든 기술과 자본을 철수하겠다며 대한민국 정부를 압박한다. ‘고종의 숨겨진 국새가 있다’는 주장으로 사학계의 이단아 취급을 받아 온 최민재 박사(조재현)는 국새를 찾는다면 일본의 억지 주장을 뒤엎을 수 있다고 확신한다. 그의 확신을 믿게 된 대통령(안성기)은 일본 자위대의 동해상 출현 등으로 비상계엄령을 공표함과 동시에 마침내 ‘국새발굴진상규명위원회’를 구성, 최민재에게 마지막 희망을 거는데… 통일보다는 국가의 안정과 원만한 대일관계에 앞장서 온 총리(문성근)는 말썽만 만들 뿐인 ‘국새’ 소동을 막아야 한다. 결국 측근인 국정원 서기관 이상현(차인표)에게 국새발굴을 방해하고 국새를 찾는다면 그것을 없앨 것과 필요하다면 최민재 또한 제거해도 좋다는 극단의 조치마저 취하는데… 일본의 도발은 거세어지고 끝나지 않은 100년 전의 위기가 되풀이되려 하는데… 국새는 존재하는 것인가? 그렇다면 국새를 찾아야만 하는 것인가?