전장에 나간 아버지 켄의 실종 후, 7년. 아네모네는 ‘유레카 세븐’ 대항 특수부대 아시드 소속으로, 그가 싸웠던 도쿄로 간다.그리고 인류를 구하기 위해 아네모네는 유레카 세븐 내부로 의식을 보내 잠입하는 작전에 참가한다.아네모네가 그 안에서 마주한 것은… 도미니크와 유레카. 아네모네는 현 세계와 연결된 또다른 세계를 마주하게 되고, 자신을 기다리고 있던 선택의 갈림길에 놓이게 된다.