1차 대전이 발발했을 무렵 독일군 주둔 동아프리카 원주민 마을. '아프리카의 여왕'이란 거의 폐선 지경의 발동선 선장 찰리(Charlie Allnut: 험프리 보가트 분)는 늘 술에 찌들어 사는 한심한 인간. 반면 이 동네에 하나뿐인 백인 여자 로즈((Rose Sayer: 캐더린 헵번 분)는 깐깐하기가 보통이 넘는 도덕주의자. 로즈의 오빠가 독일군 때문에 죽고, 원주민들이 군에 동원되어 나가자 로즈와 찰리도 피난을 떠난다. 이때부터 조신한 여자 로즈의 대담무쌍한 변화가 시작된다. 배의 키를 잡은 그녀는 무시무시한 속도로 독일군 요새 앞을 관통시키는가 하면, 독일의 모함 '루이자호'를 격침(?) 시킬 어뢰를 만들려고 하는데.