몬트리얼 교회의 마리 마드레느 수녀원의 젊은 수녀 아그네스(Agnes)가 낳은 아기를 죽여 휴지통에 버린 혐의를 받게 됨으로써 사건의 파문이 시작된다. 재판소는 사건 조사와 아그네스의 정신 감정을 의뢰키 위하여 여성법 정신과의사 마샤 리빙스턴(Martha Livingston)을 수도원으로 보낸다. 루스 수녀 원장(Marian Ruth)가 주장하는 신의 이적에 의한 수태와, 마아샤 의사의 논리적인 사후 조사가 수습이 되지 않을 경우 아그네스는 정신 병원이나 형부소로 보내질 위기에 처한다. 이력서를 들춰보고, 최면술을 시행하는 등, 건물 설계의 조사 단계까지 이르러 마샤는 원장까지 용의선상에 올려 놓는다. 사제의 압력으로 단지 하루의 말미만 남은 상황에서 마샤의 노력으로 마침내 모든 비밀이 밝혀지는데. [스포일러] 아그네스의 어머니는 원치 않게 아그네스를 낳게 되어 어릴 때부터 그녀를 학대하게 되었고, 이 때문에 아그네스는 괴로운 유년 시절를 보냈다. 그러다 수녀원의 비밀 통로를 통해 원치 않는 아이를 잉태하게 되고, 이 모든 것을 모르는 순결한 아그네스는 그저 하느님에 의해서 아이를 갖게 되었다고 생각, 자신과 같은 불행이 없기 위해 이런 실수를 한 신에게 돌려주기 위해 아이를 죽이게 된 것이다. 마지막 재판 판결에서 아그네스는 수녀원으로 돌아가 의사의 치료를 받게 된다.