때는 이씨조선 중반. 강원도 심산계곡에서 천덕꾸러기로 자란 백정 임씨의 아들 임꺽정은 신체가 건강하고 의리에 밝아 사람들의 관심을 모은다. 마침 관가의 세리가 포세를 징세하려고 꺽정이의 집에 들어 온갖 만행을 일삼자 이를 보다 못한 임꺽정은 포리를 혼내주고 집을 떠난다. 어수선한 세상을 맞아 다른 고을 사람들을 도우며 허드레 일을 해주는 임꺽정, 간신히 허기만 채워가며 일을 하던 어느날, 어여쁜 처녀 꽃단이가 마을을 지나는 임꺽정에게 자기 밭에 있는 바위를 치워 달라고 부탁을 한다. 때마침 관원들이 나타나 이들을 덮치려 할 때 그 신성한 바위에서 펑하는 소리와 함께 퍼진 연기에 의해 임꺽정과 꽃단이는 20세기의 서울역 광장에 들어선다. 그러나 20세기 역시 혼란한 시대이고 우리의 임꺽정은 다시 사람들을 도우기 시작한다.