2차대전 막바지. 끔직한 내용의 인체 실험을 해오던 만주의 관동군, 제731부대는 일본군 대본영의 명령으로 다른 부대보다 한발 앞서서 철수를 준비한다. 그것은 일본인들의 눈으로 보기에는 731부대에서 행한 일들이 끔직했음을 알고 그 증거를 미리, 완전히 없애자는 계획인 것이다. 명령을 받은 731 부대장 카메다 대령은 실험실장 이시이 대령과 의논한 후 731 부대에 수용돼 있는 마루타로 불리는 생체 실험용 만주인, 한국인, 중국인들을 모조리 사살하고 실험시설을 폭파한 후 특별열차편으로 일본을 향해 출발한다. 그 열차 안에는 일반 내과의사로 근무하던 여의사 호우와 환자들이 탔는데 호우는 자신의 환자들을 국경까지만 돌보겠다고 하나 이것마저도 비밀 누설을 두려워하는 일본인에 의해 억류된다. 비밀누설을 우려한 카메다 대령의 엄격한 통제로 누구도 접근을 못하며 열차는 한중국경을 향해 달린다. 그러나 아무리 통제를 해도 사태를 알 길이 없는 불안감과 그에 따른 지휘부의 불만으로 내부충돌이 일어나는데.