비디오용으로 제작된 속편. 'N.I.M.H'이라는 연구소에서는 들쥐들을 잡아 가둔 후 그들을 실험 대상으로 이용해 왔다. 그러던 어느 날 연구원이 투약한 약물로 들쥐들이 변이를 시작하여 글을 일고 머리를 쓸 줄 알게 된다. 들쥐들의 리더 조나단 브리즈비는 동료들과 함께 탈출을 시도하지만 모두를 구출하고 결국 자신의 목숨만은 구하지 못한다. 남편을 잃고 슬퍼하던 조나단의 미망인 미세스 브리즈비는 어린 아이들을 데리고 외딴 곳으로 가서 생활한다. 그 동안 실험실을 탈출한 들쥐들은 자기들만의 파라다이스 '쏜 벨리'를 건설한다. 풍족한 식량과 깨끗한 숲, 잘 닦여진 길과 튼튼한 집들 그리고 무엇보다 그들은 글을 배우며 자신들만의 질서를 만들어 가고 있었다. 그러나 NIMH의 만행은 아직 끝나지 않았고 들쥐들의 운명은 다시한번 위험에 빠진다. 예언자는 그들을 구할 운명을 지닌 유일한 존재로 바로 조나단 브리즈비의 아들인 티미를 선택한다. 미세스 브리즈비와 함께 살던 티미는 '쏜 벨리'로 가서 지도자 교육을 받게 된다. 한편 티미의 형 마틴은 자신이 선택받지 못한 것에 대해 불만을 품고 있다가 NIMH에 잡혀 들어간다. 마틴을 구하기 위해 NIMH로 들어간 티미는 놀라운 사실을 발견하게 된다. 연구원들의 실험 쥐로 이용되던 그의 형 마틴이 지능을 얻게 되어 그 연구소 연구원들을 배후 조종하고 있었던 것이다. 형 마틴에게 대적해야 하는 티미에게 결전의 순간은 점점 다가온다.