미국의 한적한 중소도시. 근처 대학의 생태학 연구실에서 유전자가 변형된 박쥐떼가 탈출하는 사고가 발생하면서 동네에 박쥐가 나타나기 시작하고, 대학교수가 첫 희생자로 발견된다. 이 박쥐들은 그 지역 가축들을 괴롭히는 곤충들을 잡아먹게 할 목적으로 변형된 종이지만, 뜻하지 않은 결과가 빚어져 치명적으로 위험하게 변해버린 것이다. 시간이 지나면서 더 많은 박쥐들이 빈번히 나타날 수록 서늘한 긴장감이 온마을에 감돌고, 박쥐들이 사람을 공격한다는 사실이 드러나자 공포는 더해간다. 상황이 걷잡을 수 없게 되자, 이 마을에서 존경받는 유일한 수의사 존 웰즈 박사는 이번 사건의 원인을 파악해 달라는 부탁을 받는다. 박쥐들이 마을 사람들을 공격하는 사건이 늘어나자, 형사 앨리 팍스가 파견되고, 존과 팀을 이뤄 사건을 진행한다.