3만 피트 상공에서 펼쳐지는 극한의 전투해상 자위대의 우도 다카후미는 태평양에서 추락한 미확인물체를 탐사하던 중 갑자기 나타난 '푸른 빛'에 노출된 후 유전자가 변형되고 흉악한 야수 '더 원'으로 변신한다. 방위청 산하의 특수기관 BCST(대바이오테러연구기관)의 감시 하에 있던 그는 감시가 소홀한 틈을 타서 탈출하고 행방불명 상태가 된다. 공군 자위대 F15의 조종사 마키 슌이치는 선천성 질환을 앓고있는 아들 츠구무와 같이 시간을 보내기 위해 퇴역을 결심하고 마지막 비행에 나선다. 그러나 그는 '붉은 발광체'와 정면충돌하고, 가까스로 목숨만을 건지게 된다. 이후 민간 항공기 조종사로 전직한 마키는 새로운 생활을 시작하지만 BCST의 화학담당관 미즈하라 사라는 마키를 눈여겨 보다 어느 날 그를 BCST의 연구실로 연행한다. 연구실에서 마키는 돌아온 '더 원'과 맞닥뜨리고 그의 공격을 받지만, 큰 상처를 입지 않는다. 이 사건을 계기로 마키의 몸에는 변화가 찾아온다. 새로운 존재로 변신을 거듭하기 시작한 마키, '더 원' 다음에 나타난 생명체라는 뜻의 '더 넥스트'라는 코드명을 받게되는데...