일본 자위대의 비밀 실험 중, 대규모 폭발 사고가 발생하면서 ‘마토바’ 대령이 이끄는 실험 부대가 흔적도 없이 사라져 버린다. 사라진 자리에는 460년 전에서 전국시대에서 온 사무라이가 부상을 당해 쓰러져 있다. 즉 두 시공간이 바뀌어 버린 것이다. 이러한 사고가 발생한 뒤 얼마 지나지 않아 하늘에 거대한 구멍(홀)이 발생하면서 일본을 위협하기 시작한다. 실험을 이끌었던 '레이'는 과거로 간 '마토바' 일당이 역사를 바꿔놓으면서 현재에 영향을 미치고 있는 것이라 생각하고 세상이 멸망하기 전에 과거로 돌아가서 그들을 막아야 한다고 주장한다. 문제는 마토바에게는 공략이 불가능한 "D-3 시나리오"가 있기 때문에 과거로 간다 해도 이들을 막는다는 보장이 없다. 그래서 한때 마토바의 특수부대에 소속되어 있었던 ‘카지마 유스케’를 찾아가 도움을 요청한다. 유능한 군인이었으나 지금은 작은 식당을 운영하고 있는 카지마에게 레이의 방문이 귀찮기만 하다. 이런 세상 없어져버려도 그만이라고 생각하는 '카지마'는 '레이'의 간절한 애원을 단호히 거절한다. 하지만 460년 전 전국시대에서 온 사무라이 '시치베'의 설득이 그의 마음을 움직이고 두번째 시간여행을 감행한다. 제한시간은 74시간 26분. 그 시간이 지나면 시공간의 진동이 원래대로 돌아와 두 번 다시 현대로 돌아올 수 없다. 주어진 시간 내에 마토바 일행을 다시 데려오는 것이 그들의 임무이다. 하지만 460년 전에서 ‘카지마’ 일행을 기다리고 있었던 것은 당시 전국시대를 제패하고 있었던 역사적 인물 ‘오다 노부나가’가 아니었다. 대신에 탱크와 헬기 등 강력한 무기를 바탕으로 전국시대를 장악한 ‘마토바’가 역사의 주인공이 되어가고 있었다. 마토바는 방어에만 치중하는 자위대의 소극적인 규정을 근본적으로 바꿔 버리기 위해서 과거를 변화시키야 한다고 믿고 더욱 강대한 일본 건설을 결심한 것이다. 카지마 일행은 이미 마토바의 시대가 되어버린 곳에서 힘을 쓸 수가 없다. 많은 동료들이 죽어가고 제한시간은 가까워만 진다. 현세로 돌아가야 할 것인가 과거에 머물러 숨어 살아야 할 것인가를 두고 고민해야 하는 그들에게 때마침 구세주가 나타난다. 역사적으로 오다 노부나가를 넘어서 일본을 재패한 '도요토미 히데요시'가 그 주인공. 강력한 무기도 역사의 흐름은 거슬리지 못하는 것인가? 카지마 일행의 최후 결전과 도요토미 히데요시가 이끄는 강력한 사무라이 군대가 마토바의 반란을 잠재우고 역사를 바로 잡는다.