도쿄만에서 훈련 중이던 이지스함 안에서 전후 일본 최대의 위기가 진행되고 있었다. 이지스(aegis)는 그리스 신화에 등장하는 제우스의 방패 이름으로 현재는 미해군의 함대방어시스템을 가리킨다. 이러한 최강의 방어체계가 무너지고 있는 것이다. 국적 불명의 테러리스트 '용하'가 오키나와 미군기지에서 빼앗은 생화학무기 '고슈(GUSOH)'를 갖고 도쿄로 향하고 있다. 그는 함장을 제거하고 지휘권을 장악한 부함장 '미야즈'와 결탁하여 위험천만한 테러를 감행하려는 것이다. 일본 정부는 함선에 비밀요원 '키사라기'를 심어 두었으나 한 사람의 힘으로 이들을 막을 수 없고 연락이 두절된 상태이다. 이 때, 함대를 장악한 용하와 미야즈, 그 어느 쪽도 속하지 않는 선임상사 '센코쿠 하사시'가 오로지 테러를 막기 위해 키사라기를 돕는다. 둘은 적으로 가득한 함선을 누비며 배를 멈추고 또 '고슈'를 찾아 나선다. 하지만 두 사람의 존재를 알지 못하는 일본 정부는 함선을 저지하기 위해 미군의 도움을 받아 전투기를 출격시킨다. 전투기가 함선을 폭격하기 전에 미사일을 찾아내야 하는 긴박한 상황이 전개된다. 함선을 지휘하는 부함장 미야즈는 아들의 죽음이 일본 정부에 책임이 있다고 믿고 테러리스트와 결탁하여 엄청난 사태를 몰고 온 장본인이다. 아들은 해군사관학교 시설 '자주국방을 하지 못하는 나라의 이지스함은 쓸모 없다'는 내용의 논문 "망국의 이지스"를 발표한 뒤 의문의 죽음을 당하였다. 아들의 죽음 후 용하가 나타나자 둘은 테러를 감행한 것이다. 이지스함은 방위시스템의 핵심이다. 이들이 이지스함을 장악하자 일본 정부도 방어시스템을 무력화할 방법을 찾지 못한다. 방위청 본부장 '아츠미 다이스케'는 미야즈의 아들과 용하의 관계를 알고 미야즈를 설득한다. 아들의 죽음 이면에는 또 다른 비밀이 숨겨져 있다. 아츠미의 설득으로 인하며 용하에게 속고 있음을 알게 된 미야즈는 뒤늦게 자신의 잘못을 수습하려 하지만 용하의 총에 맞고 쓰러진다. 키사라기 요원도 교전 중 사망하고 센코쿠 상사 혼자서 용하와 최후의 대결을 펼친다. 미사일을 빼앗고 전투기로부터 이지스함의 폭격을 저지해야 하는 힘겨운 분투가 피날레를 장식한다.