창성기 0011년의 지구. 인류는 11년전의 대 이변으로 인해 인구의 2/3를 잃었다.남극의 빙하가 녹아 내리고 1만 2천년 전에 멸망한 아틀란디아가 출현하고, 날개를 가진 타천시족이 부활한다.그들은 인류로부터 생체 에너지 플라나를 얻기 위해 생물기계병기 '신화수'를 앞세워 공격을 해왔다. 한편 인류는 반격을 위해 해저 유적에서 과거 타천시족을 멸망시킨 것으로 알려진 전설의 병기 '벡터 머신'을 발굴해 냈다.3기의 하이브리드 전투기로 구성된 '벡터 머신'은 합체하면 기계천사 아쿠에리언으로서의 위용을 드러낸다.이런 아쿠에리온의 파일럿이 되어 조종하기 위해선 기계 생명과 감응할 수 있는 순수한 영혼과 예민한 감각의 소유자가 필요한데, 이 때문에 세파에 시달린 어른들보다는 10대 중반의 소년, 소녀들이 보다 적합하다는 쪽으로 의견이 모아지는데....