에도에 도쿠가와 막부가 선 지 수십 년이 지났을 무렵, 다른 사람들과는 비교도 안될 만큼 거구에다 대검을 짊어지고 다니는 요로즈 겐쿠로는 "세 가지 신기를 원래 주인에게 돌려주라"는 아버지의 유언을 받들어 신기들을 찾아 여행 중이었다. 여행 도중 도쿠가와 막부로부터 암살 위협에 시달리는 토요토미의 후손인 마이와 그녀를 지키는 닌자 사스케를 만나게 되고, 그녀의 몸속에 역시 신기를 찾아 지구에 온 우주인 란이 기생하고 있다는 사실을 알게 되는데...