때는 1582년. 천하통일을 눈 앞에 두었던 오다 노부나가(織田信長)는 아케치 미츠히데(明智光秀)의 모반으로 혼노지(本能寺)에서 비운의 숨을 거둔다. 그 비보를 전해 들은 노부나가의 오른팔 도요토미 히데요시(豊臣秀吉, 오쿠다 에이지)는 곧바로 미츠히데를 토벌해 주군(主君)의 원통함을 풀고, 스스로 천하통일의 위업을 달성하며 도요토미의 시대를 연다.이렇듯 정치적인 안정은 되찾았으나, 심해지는 빈부격차 속에서 서민들의 궁핍한 삶은 극에 달해 있었는데…바로 그 때 전국에 신출귀몰하는 천하의 대도(大盜) 이시카와 고에몬(石川五右衛門, 에구치 요스케)이 혜성처럼 등장, 부자들을 상대로 금품을 털어 가난한 사람들에게 나눠주면서 서민들 사이에 영웅으로 추앙 받는다.그러던 어느 날, 고에몬은 기노쿠니야 분자에몬(紀伊?屋文左衛門, 무사카 나오마사)의 집에서 이국적인 상자 하나를 훔쳐내고, 그 상자 속에 그의 운명과 역사를 크게 바꿀 거대한 비밀이 숨겨져 있음을 알게 된다. 그런 가운데, 상자를 비밀을 파헤치기 위해 혈안이 된 이들은 서서히 고에몬과 그의 주변을 위협해오기 시작하는데…