여름방학이 끝나고 학교에 등교한 닌자보이들. 란타로, 기마루, 신베가 1학년 교실에 들어가니 교실에서는 큰 소동이 벌어지고 있었는데, 바로 키산타가 오지않은 것. 거기다가 하필 실수로 1학년부터 6학년까지의 방학숙제가 모두 뒤죽박죽 섞여버려 6학년 방학숙제가 키산타에게 배정이 되어버린 상황. 숙제의 내용은 “땅거미성 성주의 속옷을 가져와라!” 한편 땅거미성은 해질녘성과 한창 전쟁을 벌이고 있고 교장선생님의 호령으로 친구를 구하기 위해 닌자학교 학생들이 전원 출동하여 구출작전을 벌이게 되는데…