전대미문의 바이러스 부리부리 꿀꿀로 전 세계 컴퓨터를 장악하여 세계를 정복하려는 악의 집단 돼지 발굽을 막기 위해 세계 평화를 수호하는 비밀 조직 SML은 암호명 슈퍼 모델을 보내 바이러스 디스크를 찾아오게 한다. 무사히 임무를 완수한 슈퍼 모델은 돼지 발굽의 비행선에서 탈출해 한강으로 떨어지고, 마침 유람선을 타고 소풍을 나온 짱구와 친구들을 만나게 된다. 그러나 짱구와 친구들, 그리고 슈퍼 모델은 디스크가 도난 당한 사실을 알고 추적해 오던 돼지 발굽에게 납치된다. 사고 소식을 들은 슬퍼하던 짱구 아빠와 엄마는 SML의 비밀요원 근육맨의 방문을 받는다. 근육맨은 자신이 아이들을 구출해 오겠다고 하지만 짱구를 직접 찾겠다고 결심한 아빠, 엄마는 근육맨에게 변비약까지 먹이며 소동을 벌인 끝에 근육맨의 비밀 서류를 손에 넣고, 짱구를 찾아 홍콩에 있는 돼지 발굽의 배에 잠입한다. 한편 슈퍼모델은 아이들을 캡슐에 태워 탈출시키는 데 성공하지만 황량한 사막에 떨어진 아이들은 마을을 찾아 헤매다 또다시 돼지 발굽에게 잡히게 된다. 결국 위기에 처한 아이들을 구하기 위해 슈퍼 모델은 돼지 발굽에게 디스켓을 넘겨주는데.