태평양에서 속발하는 선박의 조난사고. 그 범인은 수폭실험의 방사능에 의해 되 살아난, 이상하게 진화된 쥬라기의 거대 생물 고지라였다. 수폭 세례를 받아 더욱 생명력이 길어진 고지라 에게는 폭뢰, 화포, 고압전류 등의 근대 무기는 전혀 통하지 않는다. 그리고 이미 고지라는 도쿄까지 상륙한다. 50미터의 거구가 만들어내는 공포의 괴력과 입에서 뿜어 내는 백열광에 의해 도쿄는 순식간에 불바다로 변한다. 맹렬한 불꽃과 방사능으로 아무런 손도 못쓰고 쓰러져 가는 사람들. 수폭의 화신 고지라를 쓰러뜨릴 유일의 희망은 젊은 과학자 세이자와 다이스케(다카라다 아키라)가 극비리에 개발한 초 강력 에너지 물질인 오키시젠 디스트로이어였다.