어느 날, 쓰러져 있는 아기 고래 발견한 호비와 친구들. 한쪽 지느러미가 다쳐서 헤엄을 칠 수 없는 아기 고래 쿠우는 엄마까지 잃어버려 매일 울고만 있어요. 엄마 고래를 찾지 못하면 수족관에 갇히게 되는 아기 고래를 데리고 호비와 냥이는 친구들 몰래 바다로 떠나지만, 커다란 파도를 만나 이상한 섬으로 떠내려 가게 돼요. 그곳에서 우연히 만난 거북이 할아버지의 도움으로 다시 쿠우의 엄마 고래를 찾아 떠나게 된 호비와 친구들은 바다 속에서 신비한 생물들을 만나 즐거운 탐험을 하던 중, 무시무시한 도깨비 게를 만나게 되는데...과연 아기 고래 쿠우는 엄마 고래를 다시 만나고, 호비와 친구들도 다시 집으로 돌아와 사랑하는 가족들과 만날 수 있을까요?