알파몬이 나타나는 바람에 파괴되었던 오다이바는 조금씩 복구작업이 진행중이다."일본에 돌아가면, 꼭 따뜻한 온천에 몸을 좀 담가보고 싶었어!" 소리치는 미미(미나). 새로운 친구 메이코 모치즈키와 메이코몬을 환영하기도 할 겸 선택받은 아이들은 근처 온천으로 향한다.모두가 즐거운 시간을 보내지만 끝내 죠(정석)는 모습을 보이지 않는다.죠(정석)는 대학입시라는 현실과 선택받은 아이들이라는 운명사이에서 갈등하며 괴로워하고 있었던 것이다."왜 또 우리가 이 일을 해야만 하는거지?"그때 감염된 디지몬이 오다이바에 등장하여 난동을 부리고 TV 중계를 접한 미미(미나)와 팔몬은 그 즉시 움직이기 시작한다."사람들에게 착한 디지몬들도 있다는걸 보여주자!"미미(미나)와 팔몬은 코시로(한솔)의 만류도 무시하고 행동에 나섰지만 예상치도 못한 결과와 맞닥뜨리게 된다.죠(정석)와 미미가 각각 자신만의 갈등에 빠져 고민하는 가운데 츠키시마 고등학교의 축제날, 누군가가 그들의 앞에 나타나는데...