버뮤다 삼각 지대 상공을 지나던 에어포스원이 알 수 없는 폭풍우에 휩쓸려 대통령이 심해 한 가운데로 떨어지며 비상이 걸린다. 네메시스호를 이끄는 '한센' 사령관은 '올리버' 중사와 그 팀원들을 불러들이고 대통령 구조 임무를 맡긴다. 돌연변이 거대 리프티아가 함대 주위를 둘러싼 채 공격을 퍼붓고, 올리버는 명령을 무시한 채 구조 잠수정을 출발시켜 심해 깊은 곳으로 내려간다. 심해 7천 미터 지점에서 팀원들은 알 수 없는 수중 동굴을 발견하게 되고 비행기와 배의 잔해가 무덤처럼 쌓여있는 곳에서 대통령의 탈출기를 발견하는데...