심해 괴물의 공격을 받은 지 7년이 흐르고 평화를 되찾은 줄 알았던 지구, 하지만 미국 LA에 다시 괴물이 나타난다.갑작스러운 괴물의 등장에 전투 기지에서는 특수 훈련을 받은 파일럿들을 소집해 최첨단 아마다 시리즈에 투입한다.하지만 치열한 접전 속에서 파일럿들이 죽으면서 상황이 점점 악화되자, 아마다 전문가인 로스 박사가 직접 나서는데...