뽀로로와 친구들은 숲 속에서 ‘알’ 모양의 비행선에 잠들어 있는 꼬마 공룡 ‘알로’를 발견한다. 하지만 이름 말고는 아무것도 기억하지 못하는 ‘알로’를 위해우주선을 고치던 중 비행선이 번쩍하며 ‘크롱’과 ‘알로’를 데리고 멀리 사라져 버린다.크롱과 알로를 구하기 위해 비행선을 뒤쫓던 뽀로로와 친구들은 공룡섬에 도착하고, 그곳에서 공룡들을 잡아 외계인들에게 팔아 넘기는 공룡 사냥꾼 ‘Mr. Y’를 만나게 되는데… 과연, 외계인 사냥꾼의 공격을 피해 위험에 빠진 친구들을 구할 수 있을까?