천년 퍼즐을 완성시킴으로 인해, 어둠의 유희라는 또 다른 인격을 깨운 유희.어둠의 유희와의 최후 결투를 끝내고, 일상을 찾은 것으로 보였던 유희와 동료들 앞에 수수께끼의 소년 카미가 찾아온다. 그리고 계속해서 생겨나는 의문의 실종사건!그 와중에 유희의 영원한 숙적 카이바는 끊임없이 천년 퍼즐을 찾아 다니는데…모든 조각이 맞춰질 때, 다시 한번 결투의 막이 올라간다!