때는 1560년, 스페인 원정대는 아마존 강 기슭에 있다는 황금의 도시 엘도라도를 향해 모험을 나선다. 아무도 가보지 않은 전설의 땅으로 가는 길이 험난해지자 피사로 장군은 우루수아(루이 구에라)를 대장으로 임명하고, 40명의 선발대를 뗏목에 태워 강으로 먼저 보낸다. 원정대와 선발대가 약속한 사전 조사 기간은 1주일, 하지만 엘도라도에 대한 강한 정복욕에 사로잡힌 아귀레(클라우스 킨스키)는 대장 우루수아를 가두고 반란을 일으키자 배고픔과 질병, 식인종들의 습격 속에서 작은 뗏목은 커다란 광기에 휩싸이게 된다.제2의 정복자가 되려는 야심에 사로잡힌 아귀레는 엘도라도를 찾기 위해 계속 강을 따라 내려갈 것을 명령하고, 기진맥진한 부하들을 이끌면서도 자신의 환상을 버리지 못 한 채 항해를 계속한다. 아귀레의 주도하에 탐험을 계속하던 병사들은 정체불명의 화살에 맞아 하나 둘씩 죽어가고 남은 사람들 역시 서서히 미쳐간다. 마침내 뗏목 위에 혼자 남게 된 아귀레는 광기에 사로잡혀 자신이 신이라고 말하며 스스로 멕시코 점령을 결정하고, 순수한 종족보존을 위해 딸과의 결혼을 선언한다.