에이리언의 지도자인가? 인류의 구세주인가?신비한 아기에게 다가오는 음모의 손길 UFO를 숭배하는 사교집단에 위장 침투했다가 돌아온 FBI의 코머 요원이 스컬리의 아들인 윌리엄을 죽이려고 하다가 그녀의 총에 맞고 쓰러진다. 위험이 닥쳤음을 직감한 스컬리는 론건맨에게 도움을 청하지만 윌리엄은 전직 군인 조세포가 이끄는 사교집단에 의해 납치된다. 스컬리는 병원에 입원한 코머를 찾아가서 아기를 죽이려는 이유를 추궁한 끝에 윌리엄이 에이리언과 관련되어 있기 때문이라는 진술과 함께 조세포가 납치해갔다는 말을 듣게 된다. 그러나 스컬리가 잠시 자리를 비운 사이 코머가 의문의 사내에게 죽임을 당하자 더 이상 단서를 찾지 못한다. 한편 코머가 죽는 순간 윌리엄 납치 사건 때 총상을 입고 혼수상태에 빠져있던 도겟이 깨어난다. 도겟은 스컬리에게 누군가 만나자는 연락이 올 텐데 절대 그 사람을 믿어서는 안 된다고 당부한다. 도겟의 말대로 스컬리는 조세포의 연락을 받는다. 조세포는 걸프 전에서 목격한 슈퍼 솔저가 신의 아들이라고 생각하고 그들의 메시지를 전하면서 살기로 결심한 인물. 조세포는 윌리엄이 지구를 지배하게 될 에이리언의 지도자가 될 것인데, 멀더가 방해한다면서 그의 죽음이 사실이라는 증거를 보여주면 아기를 돌려주겠다고 말한다.