공각기동대 그 후로 3년... 2032년. 전뇌(電腦), AI, 로봇 기술 등의 발달에 따라 인간이 전뇌로 사고(思考)와 커뮤니케이션을 하고, 자신의 육체를 스스로 기계화하는 것이 가능한 시대. 인간과 사이보그(육체를 기계화한 인간), 인간형 로봇이 공존하는 사회.테러를 막는 정부 직속기관 공안 9과의 형사 "버트"는 대부분의 신체를 기계화 한 '사이보그'. 그가 인간이라는 증거는 뇌의 일부분과 3년 전 자신의 파트너였으나 실종된 "쿠사나기"라는 한 여성에 대한 기억 뿐이다. 버트는 최근에 파트너가 된 "토그사"와 함께 각종 사이버 테러와 통제를 벗어난 로봇에 대한 사건을 수사하고 있다.어느날, 섹스 전용으로 프로그래밍 된 가이노이드(소녀형 로봇)가 갑자기 이상을 일으키며, 인간들을 살해하는 사건이 발생한다. 버트와 토그사는 이 로봇을 만들어낸 제조업체 "로커스 솔루스社"의 내력을 조사하던 중 '인간이란 무엇인가' '인간은 왜 로봇을 인간의 모습과 감정을 지닌 존재로 만들려고 하는가' 등에 대한 화두를 던지는 다양한 인물들을 만나게 된다. 스스로 자살을 선택한 안드로이드, 로봇에 더 가까워 진 여성, 축제 기간에 인형(로봇)을 불태우는 인간들, 스스로 육체를 버리고 네트에 융합해 인간을 초월했다고 자만하는 남자... 이들을 통해 버트는 살인 사건의 진실에 점점 다가간다.